长江夹带着大量的营养物质，造就了长江口地区的生态资源极为丰富，这里不仅是天然的优良渔场，是日本鳗鲡、中华绒螯蟹、松江鲈鱼、鲥鱼、中华鲟、白暨豚、胭脂鱼等名特优水产生物和国家级保护动物的繁衍栖息地和洄游通道，大量泥沙冲击而成的湿地，还正好位于亚太地区候鸟迁徙路线的中点位置，是亚太地区候鸟迁徙路径上补充能量的"驿站"和水禽越冬的理想之地，鸟类资源丰富。
但是，由于多年来的环境污染、过度捕捞、高度围垦以及各种海岸工程的建设，长江口生态环境已失去平衡，河口生态系统全面衰退。
中国水产科学研究院东海水产研究所陈亚瞿教授经过多年的跟踪研究，发现目前长江口生物多样性的指数已明显降低，生物物种减少，1982年还有浮游生物93种，1998年仅监测到29种。底栖生物生物量也明显降低，饵料基础衰退，一些国家级保护动物如中华鲟、白鲟、白暨豚、胭脂鱼等几乎濒临灭绝。
然而令人感到忧虑的，不仅仅是长江河口的水生生态，长江口丰富的湿地资源同样也面临窘境。湿地是生物多样性的"摇篮"、是自然资源的宝库，长江口地区堪称我国湿地资源最丰富的地区，但长期以来基本处于无人管理的状态，毫无节制的放牧已使湿地生态系统处于危急状态。据调查，仅崇明东滩东旺沙就放牧了数千头耕牛、肉牛，牛群吃的海三棱藨草的茎叶，同时也是许多鸟类的食物，大片的草地，被牛群踩踏成寸草不生的"泥浆地"，当地的农民和渔民也经常拥上滩涂，挖掘湿地里的"篷蜞"、"贝类"、"螺类"等底栖动物，使鸟类的食物蓄积量锐减。
