随着洋山深水港区二期工程的启用，上海港的“龙头”跃起，对长三角、长江流域及全国的辐射力进一步增强，上海港与长江流域港口正在加快形成合作共赢的新局面。
洋山港区一、二期工程的建成投产，推动了长三角各港口港航产业和要素的整合，以实现优势互补和分工合作。在上海港货物吞吐量年增２０％、今年集装箱吞吐量将突破２０００万标准箱的同时，长三角、长江流域的港口货物吞吐量也迅速发展，宁波港今年的增长率达４０％，连云港的增幅达３０％，武汉港的增幅达３５％。跨区域企业合作的“长江战略”已取得了明显的成效。
据悉，上海港的外贸集装箱除本地箱源以外，约９０％来自长江流域；内贸集装箱箱源近６０％分布在长江流域港口；内贸支线运输货源中，长江流域地区占总量的８０％。作为长江流域的重要出海通道，上海港为长江流域省市提供了服务和保障，长江流域的经济发展为上海港的发展提供了支撑和源泉。洋山深水港的建设和营运，在同步推进上海国际航运中心建设和开发利用长江“黄金水道”两项国家战略方面，发挥了重要的作用。
洋山港区的建成投产，推动了长江流域江海联运、海海联运的发展。洋山一期港区开港以来，水水转运比重已达３１％。上海港中转功能的加强，引发长江沿线港口设施建设速度的加快，货物吞吐量水平不断提高。长江流域已形成了以重庆、宜昌、城陵矶、武汉、九江、芜湖、南京、镇江、苏州和南通等港口为中心，覆盖长江流域广阔腹地的港口布局。作为枢纽港和中转站，洋山港使内地实现江海联运成为可能，优化了长三角港口结构，适应了长江黄金水道建设和发展需求。
洋山深水港区的建设，促进了长江航道整治和船型标准化进程。上海海事局及时调整了长江口航路，对长江上海段长江口避航区、南支航道及其延伸段进行了调整。去年以来，实施海区扫测８次，调整和新设助航标志５０座，并对南支航道的无主沉船进行了打捞，共捞沉船１１艘，对进出洋山水域的航道进行了清障。今年６月，为确保洋山港二期顺利开港，上海海事局在这一辖区又扩大了通航水域约８０平方公里，将南支航道的宽度拓宽了近３００米，实现了南支航道与洋山港东支航道、东海大桥主通航孔航道的合理衔接。目前，长江深水航道治理三期工程也已开工，赵家沟、大芦线等内河航道的整治工程正加紧进行，长江与洋山深水港的连接将更为顺畅。
